Производственная деятельность ООО «ЛЕНВОДПРОЕКТ» осуществляется следующими подразделениями:
- Отдел геоинформационных технологий;
- Отдел водохозяйственного проектирования;
- Отдел проектирования мероприятий по охране окружающей среды;
- Отдел перспективного проектирования;
- Отдел водоснабжения и канализации;
- Отдел проектирования экологически опасных объектов;
- Отдел смет;
- Отдел изысканий.